1、分解有机物：鸡粪发酵菌中含有多种有益微生物，如芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌等。这些微生物能够分泌纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶等多种酶类，将鸡粪中的复杂有机物，如纤维素、蛋白质、脂肪等分解为简单的小分子物质，如糖类、氨基酸、脂肪酸等，从而加速鸡粪的腐熟过程。

2、除臭：鸡粪在自然堆放过程中，会因有机物的分解产生氨气、硫化氢等具有刺激性气味的气体，不仅污染环境，还会对人体健康造成危害。发酵菌中的微生物可以通过自身的代谢活动，将产生臭味的含氮、含硫化合物转化为无臭或低臭的物质，从而有效降低鸡粪的臭味。

3、提高肥效：发酵菌在分解鸡粪有机物的过程中，会将其中的氮、磷、钾等营养元素释放出来，使其更容易被植物吸收利用。同时，微生物的代谢产物，如多糖、维生素、生长素等，还能改善土壤结构，提高土壤肥力，促进植物生长。

4、抑制有害微生物：发酵菌在鸡粪发酵过程中大量繁殖，形成优势菌裙，能够与有害微生物竞争生存空间和营养物质，从而抑制有害微生物的生长繁殖，减少鸡粪中病原菌和虫卵的数量，降低对土壤和农作物的危害。

5、加速发酵进程：在没有添加发酵菌的情况下，鸡粪自然发酵的速度较慢，且受环境温度、湿度等因素影响较大。添加发酵菌后，微生物的快速繁殖和代谢活动可以在较短时间内使鸡粪达到高温发酵阶段，加速发酵进程，一般可将发酵时间从几个月缩短至 1 - 2 周。

6、降低病虫害风险：经过发酵菌处理后的鸡粪，其中的有害病原菌和虫卵被大量杀灭，减少了农作物因使用未腐熟鸡粪而引发的土传病害和虫害的发生几率，有助于农作物的健康生长。